Spor mezi vědou a alchymií
Nedorozumění plyne z konfrontace s moderní vědou, která podrobuje svým kritériím i zkoumání alchymie. Vědecky sporná je měřitelnost a opakovatelnost alchymistických experimentů. Alchymie dává přednost před fakty filosofickým východiskům a chce být vědou příčin. Skepticky se dívá na utilitární přístup k přírodě, s nímž kalkuluje věda. Nelze ji redukovat na materiální způsob poznávání, neboť nelze odmyslet její spirituální zaměření. Alchymistická práce mnohdy usiluje o zrušení oddělenosti subjektu od objektu, čímž bývá dávána do souvislostí s magickým myšlením. Hermetické poznatky o vzniku a zániku zakládají odlišný koncept tzv. neživé přírody (rudy opět dorostou). Z jejího hermetického okruhu pochází myšlenka, že universum musí být zákonité. Hermetickými prvky jsou zatíženy i některé vývody přírodních věd. Jako o hermetických můžeme mluvit v jistém smyslu o modelech vědeckých zákonů. Zákon o zachování hmoty byl odvozen z přírodní filosofie. Tyto úhly pohledu komplikují striktní rozlišení mezi vedou a hermetismem.
Přestože řada alchymistů pracovala spíše jako technologové (metalurgové), získává alchymie odstín tajné vědy. Zčásti je to pocitem výlučnosti, zčásti jistou zapovězeností, zčásti přesvědčením, že adepti pronikají do tajemství vesmíru, z části z psychologických důvodů. Alchymista vstupoval do dění takovou měrou, že jeho výpovědi se nutně musely stávat subjektivními a v jistém smyslu šlo o iniciaci. Zároveň neexistovala jasná metodologie a neutrální úhel pohledu, a pokud ano, tak je tvořily tradiční autority. Spisy jsou povahou hermetické vědy vtaženy do interpretačního rámce. Lze hovořit o specifickém alchymistickém jazyku, který má podobu šifry. Záměrem je přimět adepta projít všechny kontexty starého symbolismu vědění, aby mohl porozumět určitému slovu, nebo pasáži. Těmito kontexty bylo i probuzení adeptovy nevědomé (temné) části duše.
Psychologická interpretace alchymie
C.G.Jung vyslovil názor, že alchymii lze chápat jako projekční techniku nevědomých psychických procesů. Přirozenost lidské duše směřuje k celistvosti a alchymie nese všechny znaky individuace. Tendence lidské psýchy najít cíl v Bytostném Já, které zahrnuje vědomí i nevědomí, má alchymistickou analogii ve snaze o sjednocení protikladů. Jung interpretoval alchymistické obrazové série ve světle své terapeutické metody nazvané aktivní imaginace. Práce, která se odehrává v alchymistově tyglíku je vizí, imaginací a produkuje obrazy mezi spánkem a bděním. Jejím důsledkem je proměna (transmutace) samotného adepta integrací nevědomých archetypů vystupujících jako symboly s vědomým já.
Důležité na pochopení vztahu alchymie a hlubinné psychologie je vnímání chemického experimentu jako cesty plné překážek. Na této cestě se dají udělat chyby, které nezůstanou bez následku na adeptovu duši. Podobně v procesu individuace hrozí pohlcení nevědomím nebo naopak přílišná inflace vědomí. Zacházení s pravdou jako s mystériem je psychicky příznačné pro alchymistické vnímání jevů, metody práce a způsoby poznávání skutečnosti.